Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL7A1Q02388 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122.8 ms