Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.44■■■■□ 3.9
CUX1P39880 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC39.44■■■■□ 3.9
CUX1P39880 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC39.44■■■■□ 3.9
CUX1P39880 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC39.44■■■■□ 3.9
CUX1P39880 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC39.44■■■■□ 3.9
CUX1P39880 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC39.43■■■■□ 3.9
CUX1P39880 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.42■■■■□ 3.9
CUX1P39880 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC39.42■■■■□ 3.9
CUX1P39880 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC39.41■■■■□ 3.9
CUX1P39880 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC39.41■■■■□ 3.9
CUX1P39880 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC39.41■■■■□ 3.9
CUX1P39880 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC39.41■■■■□ 3.9
CUX1P39880 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.41■■■■□ 3.9
CUX1P39880 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
CUX1P39880 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
CUX1P39880 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
CUX1P39880 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
CUX1P39880 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC39.4■■■■□ 3.9
CUX1P39880 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC39.4■■■■□ 3.9
CUX1P39880 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC39.39■■■■□ 3.9
CUX1P39880 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.39■■■■□ 3.9
CUX1P39880 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.38■■■■□ 3.9
CUX1P39880 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.38■■■■□ 3.9
CUX1P39880 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC39.38■■■■□ 3.9
CUX1P39880 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC39.38■■■■□ 3.89
CUX1P39880 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.38■■■■□ 3.89
CUX1P39880 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.38■■■■□ 3.89
CUX1P39880 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.38■■■■□ 3.89
CUX1P39880 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.38■■■■□ 3.89
CUX1P39880 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
CUX1P39880 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
CUX1P39880 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC39.37■■■■□ 3.89
CUX1P39880 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC39.37■■■■□ 3.89
CUX1P39880 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
CUX1P39880 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
CUX1P39880 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC39.36■■■■□ 3.89
CUX1P39880 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC39.36■■■■□ 3.89
CUX1P39880 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC39.36■■■■□ 3.89
CUX1P39880 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC39.36■■■■□ 3.89
CUX1P39880 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC39.36■■■■□ 3.89
CUX1P39880 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC39.36■■■■□ 3.89
CUX1P39880 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.35■■■■□ 3.89
CUX1P39880 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC39.35■■■■□ 3.89
CUX1P39880 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC39.35■■■■□ 3.89
CUX1P39880 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC39.34■■■■□ 3.89
CUX1P39880 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
CUX1P39880 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
CUX1P39880 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC39.34■■■■□ 3.89
CUX1P39880 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
CUX1P39880 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.33■■■■□ 3.89
CUX1P39880 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.33■■■■□ 3.89
CUX1P39880 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.33■■■■□ 3.89
CUX1P39880 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC39.32■■■■□ 3.89
CUX1P39880 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.32■■■■□ 3.89
CUX1P39880 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC39.32■■■■□ 3.89
CUX1P39880 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.32■■■■□ 3.89
CUX1P39880 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.31■■■■□ 3.88
CUX1P39880 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC39.31■■■■□ 3.88
CUX1P39880 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC39.31■■■■□ 3.88
CUX1P39880 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC39.3■■■■□ 3.88
CUX1P39880 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC39.3■■■■□ 3.88
CUX1P39880 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.3■■■■□ 3.88
CUX1P39880 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC39.3■■■■□ 3.88
CUX1P39880 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.3■■■■□ 3.88
CUX1P39880 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.3■■■■□ 3.88
CUX1P39880 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.29■■■■□ 3.88
CUX1P39880 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.29■■■■□ 3.88
CUX1P39880 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC39.29■■■■□ 3.88
CUX1P39880 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC39.29■■■■□ 3.88
CUX1P39880 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.28■■■■□ 3.88
CUX1P39880 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC39.28■■■■□ 3.88
CUX1P39880 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC39.28■■■■□ 3.88
CUX1P39880 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.28■■■■□ 3.88
CUX1P39880 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC39.28■■■■□ 3.88
CUX1P39880 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
CUX1P39880 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC39.26■■■■□ 3.88
CUX1P39880 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC39.25■■■■□ 3.87
CUX1P39880 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC39.25■■■■□ 3.87
CUX1P39880 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC39.25■■■■□ 3.87
CUX1P39880 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC39.24■■■■□ 3.87
CUX1P39880 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC39.24■■■■□ 3.87
CUX1P39880 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC39.24■■■■□ 3.87
CUX1P39880 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.24■■■■□ 3.87
CUX1P39880 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC39.24■■■■□ 3.87
CUX1P39880 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC39.24■■■■□ 3.87
CUX1P39880 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC39.24■■■■□ 3.87
CUX1P39880 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
CUX1P39880 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
CUX1P39880 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
CUX1P39880 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC39.23■■■■□ 3.87
CUX1P39880 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC39.22■■■■□ 3.87
CUX1P39880 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC39.22■■■■□ 3.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms