Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FETUB-207ENST00000450521 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC026904.3-201ENST00000636550 1530 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL137856.1-201ENST00000429398 773 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC104561.3-201ENST00000518590 715 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC242376.1-201ENST00000559033 726 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AQP8-202ENST00000566125 1276 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC008805.1-201ENST00000590892 364 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TLDC2-203ENST00000602922 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NAP1L6-202ENST00000641404 1222 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SPERT-204ENST00000610924 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms