Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM84B-201ENST00000304916 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MTMR6-201ENST00000381801 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TMEM200C-202ENST00000581347 10638 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC104836.1-202ENST00000636805 6041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.3 ms