Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 GAP43-201ENST00000305124 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AL359183.1-201ENST00000623796 2132 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 LINC01230-201ENST00000625222 3017 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ALOX15-201ENST00000293761 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 OSBPL7-211ENST00000613735 2836 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NADSYN1-216ENST00000530055 2416 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 MED4-201ENST00000258648 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PPP1R13L-202ENST00000418234 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ARRDC4-201ENST00000268042 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TP73-205ENST00000378285 2117 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 BTN1A1-201ENST00000244513 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SCAP-206ENST00000428413 3749 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ELAVL2-201ENST00000223951 3763 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 DNAJC14-203ENST00000357606 3416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SLC4A7-212ENST00000446700 4000 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 HSDL2-202ENST00000398805 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 DESI2-202ENST00000302550 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70 ms