Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FBN3-205ENST00000600128 9362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ITGB8-201ENST00000222573 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 C15orf59-204ENST00000569673 6573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ROCK1-201ENST00000399799 9484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55 ms