Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL357558.1-201ENST00000416646 456 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC114501.1-201ENST00000445949 172 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 E2F3P2-201ENST00000447755 1422 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC025154.2-203ENST00000550214 1031 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CENPX-208ENST00000584347 799 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PCOLCE-201ENST00000223061 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LBH-202ENST00000401506 485 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PPP2R1A-209ENST00000477989 444 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1G2-210ENST00000483251 662 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RN7SL818P-201ENST00000485099 259 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC020922.3-201ENST00000595064 547 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RN7SL725P-201ENST00000606439 259 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 WASHC3-201ENST00000240079 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms