Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 Metazoa_SRP.96-201ENST00000621315 318 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MGA-212ENST00000619521 1496 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 BLMH-201ENST00000261714 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC116337.3-201ENST00000505200 846 ntTSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms