Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CICP4-201ENST00000447359 2812 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AKAP12-204ENST00000402676 8432 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms