Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL133466.1-201ENST00000447582 150 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AP007216.2-201ENST00000562094 299 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 AC090164.2-201ENST00000611487 516 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXC9P31274 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.2 ms