Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 IMP3P2-201ENST00000489760 475 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC137936.2-202ENST00000638124 1146 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ADAM3B-201ENST00000569937 840 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC243964.2-201ENST00000590796 829 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC097724.1-201ENST00000609581 426 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms