Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 THBS2-206ENST00000617924 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 H6PD-203ENST00000602477 5590 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 UNC13A-202ENST00000519716 9838 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KMT2E-202ENST00000311117 6874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MOCS1-201ENST00000340692 2747 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 JADE2-203ENST00000395003 6465 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MLLT6-211ENST00000621332 7578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 PCNX4-203ENST00000406854 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS39Q96JC1 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms