Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SCAP-206ENST00000428413 3749 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ADAMTS2-201ENST00000251582 6754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS4AQ9UN37 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms