Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AXL-202ENST00000359092 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UBE3A-224ENST00000635914 9352 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC13.29□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RGPD6-202ENST00000330331 2848 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RGPD8-202ENST00000330575 2848 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TAF5-201ENST00000369839 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
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