Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF815P-201ENST00000421890 1352 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 120.9 ms