Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 GUSBP1-202ENST00000508260 1012 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC068587.8-201ENST00000641239 219 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MARK2P5-201ENST00000507649 634 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TCL1B-201ENST00000340722 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SDHAF4-201ENST00000370474 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms