Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 IGLJ3-201ENST00000390324 176 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SSR4-203ENST00000370086 643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MIR1227-201ENST00000408484 88 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CDK7-214ENST00000626796 358 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CDK7-215ENST00000629350 1149 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PDE6G-201ENST00000331056 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ASNA1-201ENST00000357332 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC068134.1-201ENST00000441266 481 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MARK2P5-201ENST00000507649 634 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms