Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
TRIM28Q13263 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
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