Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms