Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MTMR6-201ENST00000381801 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms