Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP47Q96K76 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms