Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms