Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
DKK3Q9UBP4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DKK3Q9UBP4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms