Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	RET1	YOR207C	3450 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	GCS1	YDL226C	1059 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	SIP2	YGL208W	1248 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	HSP150	YJL159W	1242 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	APN1	YKL114C	1104 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	AST1	YBL069W	1290 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	YNL194C	YNL194C	906 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	TDA6	YPR157W	1404 nt		5.61	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	BZZ1	YHR114W	1902 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	RSC2	YLR357W	2670 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	EAF5	YEL018W	840 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	NAG1	YGR031C-A	492 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	YJR012C	YJR012C	624 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	RHO2	YNL090W	579 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	PGA2	YNL149C	390 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	OAZ1	YPL052W	879 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	CWC27	YPL064C	906 nt		5.6	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	LAS21	YJL062W	2493 nt		5.59	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	PDH1	YPR002W	1551 nt		5.59	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	HAS1	YMR290C	1518 nt		5.59	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	MF(ALPHA)2	YGL089C	363 nt		5.59	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	CDC43	YGL155W	1131 nt		5.59	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	SRN2	YLR119W	642 nt		5.59	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	LEM3	YNL323W	1245 nt		5.59	□□□□□ -1.51
SHP1	P34223	PCS60	YBR222C	1632 nt		5.59	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	KIP2	YPL155C	2121 nt		5.59	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	BPL1	YDL141W	2073 nt		5.59	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	SER33	YIL074C	1410 nt		5.58	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	YNL247W	YNL247W	2304 nt		5.58	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	PUS6	YGR169C	1215 nt		5.58	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	CWC25	YNL245C	540 nt		5.58	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	ATG18	YFR021W	1503 nt		5.58	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	APM1	YPL259C	1428 nt		5.57	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	GEP5	YLR091W	882 nt		5.57	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	SCO1	YBR037C	888 nt		5.57	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	MRP51	YPL118W	1035 nt		5.57	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	TFB4	YPR056W	1017 nt		5.57	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	ADE4	YMR300C	1533 nt		5.57	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	VID30	YGL227W	2877 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	YNG2	YHR090C	849 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	JJJ3	YJR097W	519 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	YJU2	YKL095W	837 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	STE50	YCL032W	1041 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	VPS72	YDR485C	2388 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	DUG1	YFR044C	1446 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	SMF3	YLR034C	1422 nt		5.56	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	MTC5	YDR128W	3447 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	YIL092W	YIL092W	1902 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	SNF11	YDR073W	510 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	GLO2	YDR272W	825 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	YGR035W-A	YGR035W-A	222 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	NIT2	YJL126W	924 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	RHO4	YKR055W	876 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	RPP0	YLR340W	939 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	RPA49	YNL248C	1248 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	YPR150W	YPR150W	522 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	THP1	YOL072W	1368 nt		5.55	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	NOP7	YGR103W	1818 nt		5.54	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	ECM3	YOR092W	1842 nt		5.54	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	KTI12	YKL110C	942 nt		5.54	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	RSA3	YLR221C	663 nt		5.54	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	HAL1	YPR005C	885 nt		5.54	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	MRS3	YJL133W	945 nt		5.53	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	AIM10	YER087W	1731 nt		5.53	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	AIM17	YHL021C	1398 nt		5.53	□□□□□ -1.52
SHP1	P34223	EMP46	YLR080W	1335 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	NSG1	YHR133C	876 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YIL171W-A	YIL171W-A	453 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YJL220W	YJL220W	453 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YAL044W-A	YAL044W-A	333 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YML101C-A	YML101C-A	318 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YOR024W	YOR024W	324 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	ODC2	YOR222W	924 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	ELC1	YPL046C	300 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	UBA3	YPR066W	900 nt		5.52	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YAP1802	YGR241C	1707 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	ATM1	YMR301C	2073 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	HEM3	YDL205C	984 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	MRPL24	YMR193W	777 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	RCK1	YGL158W	1539 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	GUS1	YGL245W	2127 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	ATG7	YHR171W	1893 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	CLB4	YLR210W	1383 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	BNA5	YLR231C	1362 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	HXT4	YHR092C	1731 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	TEL2	YGR099W	2067 nt		5.51	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	BRF1	YGR246C	1791 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	MCH4	YOL119C	1506 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	ERD1	YDR414C	1089 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	HSP31	YDR533C	714 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	RPL3	YOR063W	1164 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	PRE2	YPR103W	864 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	CRZ1	YNL027W	2037 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	SRV2	YNL138W	1581 nt		5.5	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YLF2	YHL014C	1218 nt		5.49	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	PRS1	YKL181W	1284 nt		5.49	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	MRPL15	YLR312W-A	762 nt		5.49	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	YNL228W	YNL228W	777 nt		5.49	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	ARG8	YOL140W	1272 nt		5.49	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	COA2	YPL189C-A	207 nt		5.49	□□□□□ -1.53

Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 13.4 ms