Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms