Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SYNRG-225ENST00000619541 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 CSNK1A1P1-201ENST00000430593 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AL161772.1-201ENST00000610494 4412 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 TPRX1-202ENST00000535759 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R12A-AS1-201ENST00000552885 3234 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AC087521.1-201ENST00000501541 2045 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 POLM-203ENST00000395831 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AC036214.1-201ENST00000502766 2126 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ARPC4-TTLL3-201ENST00000397256 2466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 DSN1-203ENST00000373750 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ALDOA-203ENST00000395248 2447 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AMACR-203ENST00000382072 2919 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 KCNH6-202ENST00000456941 2928 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 PSD-209ENST00000611678 3382 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC28BQ9BUN5 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms