Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AL157902.1-202ENST00000425010 763 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.69-201ENST00000615730 281 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 DLGAP4-AS1-202ENST00000433238 593 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ELOA3C-201ENST00000620688 1218 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 MCPH1-AS1-203ENST00000525186 869 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TCOF1Q13428 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
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