Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP53Q70EK8 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.6 ms