Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.2 ms