Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DCAKD-201ENST00000310604 2122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms