Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 BLMH-201ENST00000261714 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AKNA-206ENST00000374088 5464 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NUP98-201ENST00000324932 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms