Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
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