Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms