Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CCDC88A-201ENST00000263630 9667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 ACAN-202ENST00000439576 8840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
HOXD3P31249 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 PTPN13-203ENST00000427191 8487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
HOXD3P31249 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms