Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 DGCR9-201ENST00000609630 2415 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ZNF202-206ENST00000529691 3384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PBXIP1-202ENST00000368463 3212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ABCG1-205ENST00000398449 2998 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 MTRF1L-202ENST00000367231 3539 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 VIPR1-202ENST00000433647 3161 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PHTF1-204ENST00000369604 3273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 YTHDF2-201ENST00000373812 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 TCAF2-202ENST00000411935 2906 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 LAT2-205ENST00000460943 2527 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 Z82170.1-201ENST00000625081 3192 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.8 ms