Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL9A3Q14050 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
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