Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 KAZN-204ENST00000400797 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 DUSP13-206ENST00000472493 920 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 DNAJC17-212ENST00000627802 428 ntTSL 4 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PDE6G-201ENST00000331056 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 GLYCTK-204ENST00000471180 992 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 LBH-202ENST00000401506 485 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PIGC-201ENST00000344529 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 DLG1-AS1-202ENST00000430666 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CUX1P39880 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ANK1-203ENST00000314214 1185 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 NRM-202ENST00000376420 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AL627389.1-201ENST00000413508 1182 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PRKRA-211ENST00000487082 1211 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SAXO2-207ENST00000566861 404 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AC005901.1-201ENST00000592766 552 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RPS16-202ENST00000339471 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 AP1B1P1-201ENST00000432373 827 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms