Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 C6orf136-202ENST00000376471 614 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 GSTK1-202ENST00000409500 888 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 OARD1-204ENST00000464633 717 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC114501.1-201ENST00000445949 172 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC005740.2-201ENST00000511085 419 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC025154.2-203ENST00000550214 1031 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DNAJC17-212ENST00000627802 428 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DLG1-AS1-202ENST00000430666 1694 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 GUSBP1-202ENST00000508260 1012 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.3 ms