Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 OFD1-204ENST00000398395 3307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 LRRFIP1-204ENST00000392000 3365 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 MED12L-203ENST00000422248 2757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 TACR2-201ENST00000373306 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
BRPF3Q9ULD4 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 KLHL25-201ENST00000337975 3758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ADAM15-206ENST00000368412 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CARD10-203ENST00000406271 3127 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SLC26A1-201ENST00000361661 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CUL1-201ENST00000325222 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 COQ7-209ENST00000569127 2575 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 PTPN9-201ENST00000306726 3862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CICP8-201ENST00000455800 2813 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP23P1-201ENST00000562773 1937 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
BRPF3Q9ULD4 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms