Protein–RNA interactions for Protein: Q99626

CDX2, Homeobox protein CDX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 313 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDX2Q99626 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CDX2Q99626 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CDX2Q99626 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CDX2Q99626 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms