Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A1P12109 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A1P12109 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms