Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
DKK3Q9UBP4 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms