Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.6 ms