Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP39Q53GS9 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms