Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.7 ms