Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 TP53AIP1-205ENST00000531399 806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TCOF1Q13428 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
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