Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 AKAP12-204ENST00000402676 8432 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC12.26□□□□□ -0.45
HOXD3P31249 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms