Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TK2-221ENST00000620035 5060 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 PRMT9-201ENST00000322396 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SOGA3-201ENST00000465909 3756 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms