Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LHX3Q9UBR4 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms