Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms